เรื่องย่อในภาคก็อดซิลลา สงครามโค่นจอมอสูร ที่แล้ว เมก้าก็อตซิลลา “Godzilla- Tokyo S.O.S.” ได้เสียแขนขวาและอาวุธสำคัญที่ใช้ในการต่อสู้กับก็อตซิลลาไปและยังเหลือร่องรอยการบาดเจ็บของเมก้าก็อตซิลลาอยู่อีกในขณะนี้มันอยู่ระหว่างการซ่อมแซมที่ท่าเรือใต้ดิน ณ ฐานทัพฮาจิโอจิ เหตุการณ์ลึกลับต่างๆ ก็เกิดขึ้นหลายต่อหลายครั้ง ซากสัตว์ประหลาดยักษ์อยู่ริมฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกและเรือดำน้ำนิวเคลียร์สหรัฐหายไปอย่างลึกลับนั่นคือสัญญาณว่า ก็อตซิลลา ได้กลับมาสู่โตเกียวแล้ว ต่อมาก็อตซิลลาได้บุกทำลายฝั่งที่มีคนอาศัยอยู่และลามไปจนถึงฮาจิโอจิในขณะที่สัตว์ประหลาดทั้งสองกำลังต่อสู้กันนั้นนายกรัฐมนตรี ฮายาโตะ อิการะชิ ได้สั่งให้เมก้าก็อตซิลลาซึ่งยังไม่เสร็จสมบูรณ์นักเข้าร่วมสงครามครั้งนี้ด้วยสนามรบของสัตว์ประหลาดทั้งสามตัวกำลังร้อนระอุสัตว์ประหลาดตัวใหม่กำลังมุ่งหน้ามายังโตเกียวสัตว์ประหลาดตัวใหม่